I Fanefjord Kirke findes tre bomærker, som man formoder Elmelundemesteren har brugt som signatur på sine værker. Herudover er Elmelundemesterens særpræg de trekantede ansigter, de små kegleformede træer, der skal forestille grantræer og de spændende fugleøjeblomster.
Elmelundemesteren viser en stor interesse for hverdagens små detaljer og maler symboldyr som hare, hjort, ugle, og enhjørningen i kappernes flige. Herudover maler Elmelundemesteren form- og farverige ranker, blomster og stjerner.
Elmelundemesterens foretrukne motiver er skabelsen, Eva og Adams historie og Jesu barndomshistorie.